Животный мир Томской области насчитывает около 2 тыс. видов и групп. Из них более 1,5 тыс. составляют различные группы беспозвоночных, 1 вид - круглоротые, 33 вида - рыбы, 6 видов - амфибии, 4 вида - рептилии, 326 видов - птицы и 62 вида - млекопитающие.
Обилие видового разнообразия во многом объясняется ландшафтно-экологическим обликом области. Из общей площади области (31439,1 тыс. га) 20022,4 относятся к лесным угодьям, 1365,3 - к полевым, 9146,6 тыс. га - к болотным; прочими угодьями занято 294,4 тыс. га. В связи с этим, в составе фауны области более половины всех животных обитают в лесах (или их производных), около трети всех видов тяготеют к водным и водно-болотным угодьям.

По характеру пребывания на территории области, большинство видов амфибий, рептилий и млекопитающих ведет оседлый или оседло-кочевой образ жизни; регулярные перелеты совершает только часть видов рукокрылых.

Среди птиц большинство составляют перелетные виды - 147, оседло-кочевые - 48, пролетные (пересекающие терри-торию области, но не размножающиеся в ее пределах) - 39 и зимующие (появляющиеся только в зимний период) - 4 вида. Значительным числом (62 вида) представлены залетные виды, пребывание которых на территории Томской области не закономерно. Основу популяции птиц области составляют 225 гнездящихся видов. Зимой численность птиц колеблется: в разные годы на территории области насчитывается от 30 до 60 видов, что зависит от наличия кормов (ягодных и семенных растений) и погодных условий. Орнитофауна Томской области по своему историческому происхождению имеет сибирско-европейский характер, со значительной долей участия транспалеарктических видов.

Рыбные ресурсы

Запасы. В последние годы естественные условия в водоемах Томской области очень благоприятны для формирования запасов озерно-речных рыб, составляющих основу рыбного промысла. Общие промысловые запасы этих рыб (щука, язь, лещ, плотва и др.) с 1999 к 2005 г. увеличились примерно на 50 %. Общий допустимый вылов рыбы за эти годы возрос до 3,5 тыс. т. Однако в состоянии запасов отдельных видов рыб имеются существенные различия, т.к. они в значительной степени колеблются в связи со вступлением в промысел поколений рыб различной «урожайности», а численность каждого поколения зависит, главным образом, от гидрологического и температурного режима в период нереста, развития икры и личинок. Запасы особо ценных видов рыб в значительной мере «контролируются» также интенсивностью их промыслового изъятия, в том числе незаконного (браконьерского). По данным ЗапСибНИИВБАК, которому Роскомрыболовством поручено заниматься оценкой состояния рыбных запасов, общий допустимый вылов (ОДУ) рыбы в водоемах Томской области в 2005 г. оценивался в 3 тыс. т. Это в 1,5 раза больше, чем в 2001 г. В основных рыбодобывающих районах - северных, - основу промысловых запасов составляют щука, язь, плотва. Большое значение в промысле играют также карась и налим. В Александровском районе к основным промысловым видам рыб относится и елец. В южных районах порежнему доминирует акклиматизированный лещ. Численность его здесь чрезмерно высока, а ареал постепенно расширяется вниз по Оби. Несколько лет назад он стал обычным видом для Каргасокского участка Оби, а в 2005 г. отмечено увеличение его численности и в Александровском районе.

Запасы полупроходных рыб (нельма, муксун и пелядь) интенсивно осваиваются в Тюменской области и ее национальных округах. На долю Томской области приходится всего 4 - 6 % от общей величины общего промыслового изъятия этих рыб. Из местных видов рыб особо ценной является стерлядь, но доля ее в общих промысловых уловах крайне низкая (около 0,3 %).